科学是一把双刃剑，克隆技术在对人类具有重要意义的同时，也存在着诸多弊端：
(1)生态层面
克隆技术导致的基因复制，会威胁基因多样性的保持，生物的演化将出现一个逆向的颠倒过程，即由复杂走向简单，这对生物的生存是极其不利的。
(2)文化层面
克隆人是对自然生殖的取代和否定，它打破了生物演进的自然规律，带有典型的反自然性质。这与当今正在提倡的崇尚天人合一、回归自然的基本文化是相悖的。
(3)哲学层面
通过克隆技术实现人的自我复制和自我再现之后，可能会导致人的身心关系的紊乱。人的不可重复性和不可替代性的个性规定会由于大量复制而丧失唯一性，丧失自我及其个性特征的自然基础和生物学前提。
(4)使血缘生育构成的社会结构和社会关系遭到破坏
为什么不同的国家、不同的种族几乎全部反对克隆人，原因就在于这是另一种生育模式，现在单亲家庭子女教育问题备受关注，其实其重心就是关注一个情感培育问题，人的成长是在两性繁殖、双亲抚育的状态下完成的，从古至今一直如此，克隆人一旦出现，社会应该如何应对，克隆人与被克隆人的关系到底应该是怎样的呢？
(5)身份和社会权利难以分辨
如果有一天，突然有20个儿子来分割你的财产，他们的指纹、基因都是一样的，你该怎么办？是不是得像汽车挂牌照一样在他们额头上刻上克隆人1号、克隆2号之类的标记才能识别？
(6)导致缺陷的继续延续
即使说克隆人解决了某些人无法生育的问题，但是由于克隆是一种“完全的复制”，你是否想到过：一个没有生育能力的人克隆的下一代还会产生没有生育能力的问题。
(7)有违伦理
对伦理学界来说，克隆人行为牵涉到一个很严重的伦理问题，因为它侵犯了伦理学的基本原则，比如不伤害原则、自主原则、平等原则等等。
(8)克隆后遗症
在克隆人研究中，假如出现异常，有缺陷的克隆人应该怎么处理？像克隆的动物那样随意处理掉吗？这可是一个大麻烦！
因此，在目前的环境下，无论从何种角度讲，克隆人都不能为人类社会所接受。